Pierwsza historyczna wzmianka o Łękawicy pojawia się w r. 1344 w dokumencie króla Kazimierza Wielkiego, który potwierdza Spicymirowi, założycielowi Tarnowa, przywileje odnoszące się do miasta i przylegających do niego wsi.
Parafia w Łękawicy należy do najstarszych w regionie tarnowskim. Z dokumentów kościelnych wynika, że istniała już w pierwszej połowie XIV wieku. Z tego też czasu pochodzi kamienny kościół pw. Św. Mikołaja, którego fundamenty i ściany dotąd istnieją i są widoczne w konstrukcji obecnego kościoła.
W roku 1559 Łękawicę przyłączono do kolegiaty (dziś katedry) w Tarnowie, a na miejscu utworzono wikarię, obsługiwaną przez wikariuszów kolegiackich. W roku 1701 przy łękawickim kościele znowu zamieszkał proboszcz a Łękawica odzyskała już na stałe prawa parafii. Od czasów średniowiecznych aż do roku 1980 do parafii łękawickiej należała także Trzemesna.Stary kościółek z kamienia służył wspólnocie parafialnej bez większych zmian przez prawie sześćset lat. W latach 1907-1909 został staraniem ks. proboszcza Pawła Wiatra (1901-1916) powiększony do obecnego stanu, przy wykorzystaniu istniejących murów. W czasie I wojny światowej wykonano kute w metalu ogrodzenie kościoła. Pracowały przy nim głównie kobiety, gdyż mężczyźni przebywali wówczas na froncie.
W roku 1925, za proboszczowania ks. Józefa Klocha (1917-1932) wybudowano stojącą po dziś dzień dzwonnicę i sprowadzono trzy dzwony ze znanej włoskiej odlewni dzwonów w Udine.
W 15. rocznicę odzyskania niepodległości, 12 listopada 1933 r., odsłonięto obok kościoła pomnik ku czci 66 mieszkańców parafii poległych na różnych frontach I wojny światowej. Pomnik wzniesiono z inicjatywy ks. proboszcza Feliksa Kokoszki (1932-1945). Jego dziełem był także wzniesiony w latach 1934-1935 dom parafialny oraz wysokiej jakości witraże, zdobiące kościół parafialny po dziś dzień. Fundowane przez parafian, zostały wykonane w 1940 r. przez firmę Żeleńskiego z Krakowa.
W roku 1956, w trzechsetną rocznicę ślubów Jana Kazimierza, za ks. proboszcza Adolfa Pacochy (1947-1960) artysta Paweł Mitka wymalował kościół w stylu ornamentalno-figuralnym, a w r. 1957 odnowiono wszystkie ołtarze. W roku 1962, za ks. proboszcza Józefa Pochronia (1961-1973) wprowadzono do kościoła centralne ogrzewanie. Ks. Pochroń zatroszczył się również o soborowy wystrój prezbiterium. Nowy ołtarz „twarzą do ludu” został konsekrowany 8 VII 1973 r. przez bpa Piotra Bednarczyka.
Kolejny ks. proboszcz, Stanisław Nowak (1973-1986), artysta malarz, autor licznych obrazów i twórca polichromii w wielu kościołach diecezji tarnowskiej, wzniósł na cmentarzu kaplicę, która – powiększona przez jego następcę – nosi miano kościoła cmentarnego pw. Miłosierdzia Bożego.
Zbliżający się Wielki Jubileusz Odkupienia Roku 2000 stał się dla ks. Andrzeja Lachowicza, proboszcza w Łękawicy od 1986 r., natchnieniem do najbardziej gruntownej restauracji kościoła parafialnego od czasów jego powiększenia na początku XX wieku.
Nie można było jednak zaczynać pracy bez wcześniejszego odwodnienia kościoła, osuszenia murów i gruntownej restauracji nadwątlonego dachu. W roku 1995 wymieniona została spróchniała konstrukcja dachowa wraz z wieżą. Dotychczasowa dachówka zastąpiona została poliestrową blachodachówką fińską. Świątynia zaczęła swym wyglądem przyciągać oczy.
Kolejny ks. proboszcz, Stanisław Nowak (1973-1986), artysta malarz, autor licznych obrazów i twórca polichromii w wielu kościołach diecezji tarnowskiej, wzniósł na cmentarzu kaplicę, która – powiększona przez jego następcę – nosi miano kościoła cmentarnego pw. Miłosierdzia Bożego.
Do ołtarza głównego wrócił – na odpust 1998 r. – uratowany przed zniszczeniem i zakonserwowany obraz Św. Mikołaja z 1782 r., który zdobił dawny kościół w Łękawicy. Wstawiennictwo Św. Patrona, wzywanego słowami: „Św. Mikołaju, miej w opiece nas i dobytek nasz” zapewniało przychylność Bożej Opatrzności na żmudny remont wnętrza Świątyni, rozpoczęty w grudniu 1999 r.
Odnowione zostały w pierwszej kolejności ołtarze Najświętszego Serca Pana Jezusa i Matki Bożej, ołtarz główny oraz ołtarz Św. Józefa w kaplicy bocznej.
W ołtarzu głównym zaczął królować z krzyża Chrystus, jedyny Zbawiciel świata, a Św. Mikołaj Patron zbliżył się w geście błogosławieństwa do swych czcicieli.
Półroczny codzienny trud artystów pod kierunkiem Wiesława Anysza odsłonił wspaniałe, jasne i radosne wnętrze kościoła z zachowaniem i odświeżeniem najcenniejszych fragmentów dawnej polichromii.
W latach 1995-2000 miał miejsce gruntowy remont kościoła. Wymieniono posadzkę, ławki, odnowiono ołtarze i zainstalowano gazowe ogrzewanie, odnowiono polichromię i zmieniono więźbę dachową oraz pokryto dach nową blachą. Świątynię upiększyły także nowe konfesjonały i ławki wykonane przez miejscowych artystów stolarzy: Tadeusza Łabędzia i jego syna Bogdana.
Nowe ogrodzenie kościoła wraz z chodnikiem procesyjnym z kostki brukowej dopełnia wiekopomnego dzieła. Odnowiony kościół głosi nawet nocą, dzięki wprowadzonej iluminacji, jak wielka była wiara minionych pokoleń, które Bogu oddawały to, co najdroższe i najpiękniejsze. Obecne pokolenie, ratując tworzone przez wieki piękno, staje przed nim w wielkiej zadumie i pokorze, zdając sobie sprawę, że przywraca jedynie do pełnego blasku to, co pozostawiły nam dawne pokolenia.
Po restauracji kościoła dnia 30.09.2000 r. uroczystego poświęcenia dokonał Ks. Bp Władysław Bobowski. Było to równocześnie parafialne dziękczynienie z okazji Wielkiego Jubileuszu Odkupienia 2000.
W czasie od 29 sierpnia do 30 września 2001 r. miała miejsce uroczystość Nawiedzenia parafii przez obraz Matki Bożej Jasnogórskiej. Uroczystościom powitania obrazu Jasnogórskiego przewodniczył bp Jan Styrna. O tych uroczystościach przypomina kamień pamiątkowy obok krzyża misyjnego.
W październiku 2001 r. obowiązki duszpasterskie objał w Łękawicy nowy proboszcz, Ks. Józef Nita. Obok systematycznej pracy duszpasterskiej podjął także troskę o sprawy materialne parafii. W roku duszpasterskim 2001/2002 zrobiono drogę łączącą kościół z cmentarzem. Wyremontowano w znacznym stopniu pomieszczenie na plebani dostosowując do potrzeb duszpasterskich i mieszkaniowych. W kościele odbył się srebrny jubileusz ks. Stanisława Budzika – Rektora WSD w Tarnowie.
Ks. Bp Władysław Bobowski w czasie odpustu 6 grudnia 2002 r. ku czci Św. Mikołaja pobłogosławił drewniany wizerunek Pana Jezusa na Krzyżu w głównym ołtarzu, obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy i oraz obraz Pana Jezusa Miłosiernego „Jezu Ufam Tobie”.
W nocy z 6 na 7 maja 2003 r. pożar doszczętnie zniszczył stodołę i budynek gospodarczy. Na apel Ks. Proboszcza parafianie bardzo ofiarnie przystąpili do wybudowania nowego budynku. Pracowali licznie zwłaszcza mężczyźni, oraz hojnie składali ofiary pieniężne. W budynku znajdują się 2 duże sale i jedna na duże zebrania, kuchnia, toalety, pomieszczenie gospodarcze i dwa garaże.
Niezwykle radosnym wydarzeniem była 3 kwietnia 2004 r. konsekracja ks. Stanisława Budzika, Rektora WSD, na biskupa pomocniczego Diecezji Tarnowskiej. Jego biskupie prymicje odbyły się w Łękawicy w niedzielę 18.04.2004 r.
W czasie konferencji Episkopatu Polski w Kamieniu Śląskim, która odbyła się 16 czerwca 2007 r. Ks. Bp. Stanisław Budzik został wybrany Sekretarzem Generalnym Konferencji Episkopatu Polski.
16 września 2011 r. ks. bp. mianowany został przez Ojca Św. Benedykta XVI Arcybiskupem i Metropolitą Lubelskim, zastępując na tym stanowisku zmarłego w lutym br. Arcybiskupa Józefa Życińskiego.
22 października 2011 r., we wspomnienie bł. Jana Pawła II, odbył się ingres do archikatedry św. Jana Chrzciciela i Jana Ewangielisty w Lublinie.
W 2018 r. wykonano dwie duże inwestycje. Zniszczoną główna alejka Cmentarza Parafialnego mająca blisko 30 lat, wymieniono z asfaltowej na trwałą wykonaną z kostki brukowej – prace wykonano początkiem września. Odmalowano również wnętrze świątyni. Zamontowano nowe punktowe oświetlenie ołtarzy i oświetlono sufit, wymieniono uszkodzoną instalacje elektryczną, odnowiono kinkiety i żyrandole. Prace rozpoczęły się 13.11. a zakończyły się 5.12 2018 roku.
Od 2022 r. Parafia Trzemesna została objęta opieką duszpasterską sprawowaną przez księży z Łękawicy.